BigQuery-এ FHIR (দ্রুত স্বাস্থ্যসেবা ইন্টারঅপারেবিলিটি রিসোর্স) ইনজেস্ট করুন

1. ভূমিকা

1f4764c4ca4c50d9.png

শেষ আপডেট: 2020-05-16

এই কোডল্যাবটি ক্লাউড হেলথকেয়ার এফএইচআইআর এপিআই ব্যবহার করে BigQuery-এ FHIR R4 ফরম্যাট করা স্বাস্থ্যসেবা ডেটা (নিয়মিত সম্পদ) গ্রহণ করার জন্য একটি ডেটা ইনজেশন প্যাটার্ন দেখায়। বাস্তবসম্মত স্বাস্থ্যসেবা পরীক্ষার ডেটা তৈরি করা হয়েছে এবং আপনার জন্য Google ক্লাউড স্টোরেজ বাকেট ( gs://hcls_testing_data_fhir_10_patients/) এ উপলব্ধ করা হয়েছে।

এই কোড ল্যাবে আপনি শিখবেন:

  • জিসিএস থেকে ক্লাউড হেলথকেয়ার এফএইচআইআর স্টোরে কীভাবে FHIR R4 সংস্থান আমদানি করবেন।
  • BigQuery-এ FHIR স্টোর থেকে FHIR ডেটা কীভাবে রপ্তানি করা যায়।

এই ডেমো চালানোর জন্য আপনার কি দরকার?

  • আপনার একটি GCP প্রকল্পে অ্যাক্সেস প্রয়োজন।
  • আপনাকে অবশ্যই GCP প্রকল্পের মালিকের ভূমিকা অর্পণ করতে হবে৷
  • NDJSON ফর্ম্যাটে FHIR R4 সংস্থান (সামগ্রী-গঠন=সম্পদ)

আপনার যদি একটি GCP প্রকল্প না থাকে, তাহলে একটি নতুন GCP প্রকল্প তৈরি করতে এই পদক্ষেপগুলি অনুসরণ করুন৷

NDJSON ফর্ম্যাটে FHIR R4 সংস্থানগুলি নিম্নলিখিত অবস্থানগুলিতে GCS বালতিতে প্রি-লোড করা হয়েছে:

  • gs://hcls_testing_data_fhir_10_patients/fhir_r4_ndjson/ - নিয়মিত সম্পদ

উপরের সমস্ত সংস্থানগুলিতে নতুন লাইন ডিলিমিটার JSON (NDJSON) ফাইল ফর্ম্যাট রয়েছে তবে বিভিন্ন সামগ্রী কাঠামো রয়েছে:

  • ndjson ফর্ম্যাটে নিয়মিত সংস্থান - ফাইলের প্রতিটি লাইনে JSON ফর্ম্যাটে একটি মূল FHIR সংস্থান রয়েছে (যেমন রোগী , পর্যবেক্ষণ , ইত্যাদি)। প্রতিটি ndjson ফাইলে একই রিসোর্স টাইপের FHIR রিসোর্স থাকে। উদাহরণস্বরূপ Patient.ndjson resourceType = ' Pient'- এর এক বা একাধিক FHIR রিসোর্স ধারণ করবে এবং Observation.ndjson-এ resourceType = ' অবজারভেশন' -এর এক বা একাধিক FHIR রিসোর্স থাকবে।

আপনার যদি একটি নতুন ডেটাসেটের প্রয়োজন হয়, আপনি সবসময় SyntheaTM ব্যবহার করে এটি তৈরি করতে পারেন। তারপর, কোডল্যাবে প্রদত্ত বালতি ব্যবহার না করে এটিকে GCS-এ আপলোড করুন।

2. প্রকল্প সেটআপ

স্বাস্থ্যসেবা API সক্ষম করতে এবং প্রয়োজনীয় অনুমতি প্রদান করতে এই পদক্ষেপগুলি অনুসরণ করুন:

আপনার পরিবেশের জন্য শেল ভেরিয়েবল শুরু করুন

PROJECT_NUMBER এবং PROJECT_ID খুঁজতে, প্রকল্প সনাক্তকরণ পড়ুন।

<!-- CODELAB: Initialize shell variables -->
export PROJECT_ID=<PROJECT_ID>
export PROJECT_NUMBER=<PROJECT_NUMBER>
export SRC_BUCKET_NAME=hcls_testing_data_fhir_10_patients
export BUCKET_NAME=<BUCKET_NAME>
export DATASET_ID=<DATASET_ID>
export FHIR_STORE=<FHIR_STORE>
export BQ_DATASET=<BQ_DATASET>

স্বাস্থ্যসেবা API সক্ষম করুন

নিম্নলিখিত পদক্ষেপগুলি আপনার GCP প্রকল্পে স্বাস্থ্যসেবা APIগুলিকে সক্ষম করবে৷ এটি প্রকল্পে Healthcare API পরিষেবা অ্যাকাউন্ট যুক্ত করবে।

  1. GCP কনসোল API লাইব্রেরিতে যান।
  2. প্রকল্প তালিকা থেকে, আপনার প্রকল্প নির্বাচন করুন.
  3. API লাইব্রেরিতে, আপনি যে APIটি সক্ষম করতে চান সেটি নির্বাচন করুন। আপনার যদি API খুঁজে পেতে সাহায্যের প্রয়োজন হয়, অনুসন্ধান ক্ষেত্র এবং ফিল্টার ব্যবহার করুন।
  4. API পৃষ্ঠায়, ENABLE এ ক্লিক করুন।

সিন্থেটিক ডেটাসেটে অ্যাক্সেস পান

  1. আপনি ক্লাউড কনসোলে লগইন করার জন্য যে ইমেল ঠিকানাটি ব্যবহার করছেন, সেখান থেকে hcls-solutions-external+subscribe@google.com- এ যোগদানের অনুরোধ জানিয়ে একটি ইমেল পাঠান।
  2. আপনি কিভাবে কর্ম নিশ্চিত করতে নির্দেশাবলী সহ একটি ইমেল পাবেন.
  3. গ্রুপে যোগ দিতে ইমেলের উত্তর দেওয়ার বিকল্পটি ব্যবহার করুন।
  4. ক্লিক করবেন না 525a0fa752e0acae.png বোতাম এটা কাজ করে না.
  5. একবার আপনি নিশ্চিতকরণ ইমেল পেয়ে গেলে, আপনি কোডল্যাবের পরবর্তী ধাপে যেতে পারেন।

আপনার GCP প্রকল্পে একটি Google ক্লাউড স্টোরেজ বালতি তৈরি করুন 

gsutil mb gs://$BUCKET_NAME

আপনার GCP প্রকল্পে সিন্থেটিক ডেটা কপি করুন 

gsutil -m cp gs://$SRC_BUCKET_NAME/fhir_r4_ndjson/**.ndjson \
gs://$BUCKET_NAME/fhir_r4_ndjson/

অনুমতি প্রদান করুন

ক্লাউড স্টোরেজ থেকে FHIR সংস্থান আমদানি এবং BigQuery-এ রপ্তানি করার আগে, আপনাকে ক্লাউড হেলথকেয়ার সার্ভিস এজেন্ট পরিষেবা অ্যাকাউন্টে অতিরিক্ত অনুমতি দিতে হবে। আরও তথ্যের জন্য, FHIR স্টোর ক্লাউড স্টোরেজ এবং FHIR স্টোর BigQuery অনুমতি দেখুন।

মঞ্জুর সঞ্চয় প্রশাসক অনুমতি 

gcloud projects add-iam-policy-binding $PROJECT_ID \
  --member=serviceAccount:service-$PROJECT_NUMBER@gcp-sa-healthcare.iam.gserviceaccount.com \
  --role=roles/storage.objectViewer

BigQuery অ্যাডমিন অনুমতি দিন 

gcloud projects add-iam-policy-binding $PROJECT_ID \
  --member=serviceAccount:service-$PROJECT_NUMBER@gcp-sa-healthcare.iam.gserviceaccount.com \
  --role=roles/bigquery.admin

3. পরিবেশ সেটআপ

ক্লাউড হেলথকেয়ার এফএইচআইআর এপিআই ব্যবহার করে BigQuery-তে NDJSON ফাইল থেকে স্বাস্থ্যসেবা ডেটাসেটে ডেটা ইনজেস্ট করতে এই ধাপগুলি অনুসরণ করুন:

স্বাস্থ্যসেবা ডেটাসেট এবং এফএইচআইআর স্টোর তৈরি করুন

ক্লাউড হেলথকেয়ার API ব্যবহার করে স্বাস্থ্যসেবা ডেটাসেট তৈরি করুন 

gcloud beta healthcare datasets create $DATASET_ID --location=us-central1

ক্লাউড হেলথকেয়ার API ব্যবহার করে ডেটাসেটে FHIR স্টোর তৈরি করুন 

gcloud beta healthcare fhir-stores create $FHIR_STORE \
  --dataset=$DATASET_ID --location=us-central1 --version=r4

4. FHIR স্টোরে ডেটা আমদানি করুন

Google ক্লাউড স্টোরেজ থেকে FHIR স্টোরে পরীক্ষার ডেটা আমদানি করুন।

আমরা GCS বাকেট থেকে প্রিলোড করা ফাইল ব্যবহার করব। এই ফাইলগুলিতে NDJSON ফর্ম্যাটে FHIR R4 নিয়মিত সংস্থান রয়েছে৷ প্রতিক্রিয়া হিসাবে, আপনি OPERATION_NUMBER পাবেন, যা বৈধকরণ ধাপে ব্যবহার করা যেতে পারে।

আপনার GCP প্রকল্পে GCS বাকেট থেকে নিয়মিত সম্পদ আমদানি করুন 

gcloud beta healthcare fhir-stores import gcs $FHIR_STORE \
  --dataset=$DATASET_ID --async \
  --gcs-uri=gs://$BUCKET_NAME/fhir_r4_ndjson/**.ndjson \
  --location=us-central1 --content-structure=RESOURCE

যাচাই করুন

যাচাইকরণ অপারেশন সফলভাবে শেষ হয়েছে৷ এটি শেষ হতে কয়েক মিনিট সময় নিতে পারে, তাই আপনাকে কিছু বিলম্বের সাথে কয়েকবার এই কমান্ডটি পুনরাবৃত্তি করতে হতে পারে।

gcloud beta healthcare operations describe OPERATION_NUMBER \
  --dataset=$DATASET_ID --location=us-central1

5. FHIR স্টোর থেকে BigQuery-এ ডেটা এক্সপোর্ট করুন

একটি BigQuery ডেটাসেট তৈরি করুন 

bq mk --location=us --dataset $PROJECT_ID:$BQ_DATASET

FHIR স্টোর থেকে BigQuery ডেটাসেটে স্বাস্থ্যসেবা ডেটা রপ্তানি করুন 

gcloud beta healthcare fhir-stores export bq $FHIR_STORE \
  --dataset=$DATASET_ID --location=us-central1 --async \
  --bq-dataset=bq://$PROJECT_ID.$BQ_DATASET \
  --schema-type=analytics

প্রতিক্রিয়া হিসাবে, আপনি OPERATION_NUMBER পাবেন, যা বৈধকরণ ধাপে ব্যবহার করা যেতে পারে।

যাচাই করুন

যাচাইকরণ অপারেশন সফলভাবে শেষ হয়েছে৷ 

gcloud beta healthcare operations describe OPERATION_NUMBER \
  --dataset=$DATASET_ID --location=us-central1

BigQuery ডেটাসেটে সমস্ত 16টি টেবিল থাকলে যাচাই করুন 

bq ls $PROJECT_ID:$BQ_DATASET

6. পরিষ্কার করুন

এই টিউটোরিয়ালে ব্যবহৃত সংস্থানগুলির জন্য আপনার Google ক্লাউড প্ল্যাটফর্ম অ্যাকাউন্টে চার্জ এড়াতে, আপনি GCP-তে তৈরি করা সংস্থানগুলি পরিষ্কার করতে পারেন যাতে তারা আপনার কোটা গ্রহণ না করে এবং আপনাকে তাদের জন্য বিল করা হবে না ভবিষ্যৎ নিম্নলিখিত বিভাগগুলি কীভাবে এই সংস্থানগুলি মুছতে বা বন্ধ করতে হয় তা বর্ণনা করে৷

প্রকল্পটি মুছুন

বিলিং দূর করার সবচেয়ে সহজ উপায় হল আপনি টিউটোরিয়ালের জন্য তৈরি করা প্রকল্পটি মুছে ফেলা।

প্রকল্প মুছে ফেলতে:

  1. GCP কনসোলে, প্রকল্প পৃষ্ঠায় যান। প্রকল্পের পৃষ্ঠায় যান
  2. প্রকল্প তালিকায়, আপনি যে প্রকল্পটি মুছতে চান সেটি নির্বাচন করুন এবং মুছুন ক্লিক করুন।
  3. ডায়ালগে, প্রজেক্ট আইডি টাইপ করুন এবং তারপরে প্রোজেক্ট মুছে ফেলতে শাট ডাউন ক্লিক করুন।

আপনি যদি প্রজেক্টটি রাখতে চান, তাহলে আপনি নিম্নলিখিত নির্দেশাবলী ব্যবহার করে ক্লাউড হেলথ কেয়ার ডেটাসেট এবং BigQuery ডেটাসেট মুছে ফেলতে পারেন।

Cloud Healthcare API ডেটাসেট মুছুন

GCP কনসোল এবং gcloud CLI উভয় ব্যবহার করে Healthcare API ডেটাসেট মুছে ফেলার পদক্ষেপগুলি অনুসরণ করুন৷

দ্রুত CLI কমান্ড: 

gcloud beta healthcare datasets delete $DATASET_ID --location=us-central1

BigQuery ডেটাসেট মুছুন

বিভিন্ন ইন্টারফেস ব্যবহার করে BigQuery ডেটাসেট মুছে ফেলার ধাপগুলি অনুসরণ করুন।

দ্রুত CLI কমান্ড: 

bq rm -r -f $PROJECT_ID:$DATASET_ID

7. অভিনন্দন

অভিনন্দন, আপনি ক্লাউড হেলথকেয়ার API ব্যবহার করে BigQuery-এ স্বাস্থ্যসেবা ডেটা গ্রহণ করার জন্য কোড ল্যাব সফলভাবে সম্পন্ন করেছেন।

আপনি Google ক্লাউড স্টোরেজ থেকে FHIR R4 কমপ্লায়েন্ট সিন্থেটিক ডেটা ক্লাউড হেলথকেয়ার FHIR API-এ আমদানি করেছেন।

আপনি Cloud Healthcare FHIR API থেকে BigQuery-এ ডেটা এক্সপোর্ট করেছেন।

Google ক্লাউড প্ল্যাটফর্মে BigQuery-এর সাথে আপনার হেলথকেয়ার ডেটা অ্যানালিটিক্স যাত্রা শুরু করার জন্য প্রয়োজনীয় মূল পদক্ষেপগুলি আপনি এখন জানেন৷